قسم الكيمياء العضوية هو أحد أقسام الكلية الأساسية ويختص بتدريس كيمياء المركبات العضوية بأنواعها المختلفة وكذلك دراسة التعرف على تركيبها بإستخدام وسائل التحليل الطيفى، بالإضافة إلى تدريس مقرر فى الكيمياء الفراغية يهتم بدراسة التركيب الفراغى للمركبات العضوية والعلاقة بين الوضع الفراغى والتأثير البيولوجى للمركبات العضوية المستخدمة فى مجال الصيدلة.
ويهدف قسم الكيمياء العضوية من تدريس هذه المقررات أن يتم إعداد طالب الصيدلة إعداداً أكاديمياً حديثاً يكون معه قادراً على اكتشاف أدوية جديدة لعلاج الأمراض المختلفة حيث تلعب الكيمياء العضوية دوراً رائداً فى هذا المجال سواء من خلال التشييد الكامل للمركبات الدوائية أو إدخال تعديلات معينة فى المركبات الطبيعية بهدف تحسين خصائصها العلاجية وفى نفس الوقت ضمان إنتاجها بوفرة على أسس أقتصادية ومما لا شك فيه أن هذا المجال يزداد أهمية كل يوم مع اكتشاف مواد جديدة لم تكن معروفة من قبل وذلك لمواجهة الأمراض التى يزداد تنوعها وضراوتها يوماً بعد يوم.