تم تصميم البرنامج على أساس خمس سنوات دراسية وسنة تدريب متقدم (إمتياز)، حيث تشمل المرحلة الأولى تدريس العلوم الأساسية العامة والعلوم الأساسية الصيدلية والطبية وتشمل المرحلة النهائية تدريس العلوم الصيدلية والإكلينيكية، وعلى تدريب ميداني أولي فى الصيدليات الأهلية أوالحكومية أوصيدليات المستشفيات لمدة 100 ساعة تدريب فعلية.
وتتضمن سنة الإمتياز التدريب بشكل دوري تناوبي في مجالات الممارسات الصيدلية المختلفة (التصنيع الدوائي- الرقابة والتنظيم الدوائي.... إلخ) بالإضافة إلى دورة تدريبية واحدة في مجال الصيدلة الإكلينيكية، كما يقدم الطالب مشروع تخرج فى تخصص معين. تم تصميم البرنامج بحيث يسمح للخريج ممارسة مهنة الصيدلة في أي من مجالات العمل الصيدلي، كما يمكن للطالب من خلال المقررات الاختيارية في المراحل النهائية للبرنامج ومن خلال مجال التدريب ومشروع التخرج التركيز في التخصص الذي يرغب العمل به بعد التخرج.